В ноябре 2005 года вышла серия «Застрявший в чулане», высмеивающая Церковь Сайентологии и ее знаменитых последователей, Тома Круза и Джона Траволту.

В этой серии сайентологи объявляют Стэна новой инкарнацией Рона Хаббарда, а Том Круз запирается в чулане, так как Стэн не стал хвалить его актерское мастерство. (В США фраза «выйти из чулана» часто означает признание гомосексуалистом своей нетрадиционной ориентации.)

Газета «Los Angeles Times» окрестила скандал вокруг этой серии «Closetgate». Comedy Central отменила повторный показ серии 15 марта 2006 в последний момент (хотя с тех пор серия всё же была показана неоднократно). Предположительно, Том Круз угрожал компании Paramount отказом от съемок в фильме «Миссия невыполнима 3» в случае повторного показа эпизода (у Paramount и Comedy Central общий хозяин — Viacom). Представители Paramount и Круза отрицают эти догадки, но газета «The Independent» пишет, что «никто не верит ни единому их слову».

Паркер и Стоун опубликовали письмо со словами «Ну что же, Сайентология, ЭТОТ бой ты может и выиграла, но миллионы лет битвы за Землю только начались! (…) Сегодня ты нам помешала, но твои жалкие попытки спасти человечество обречены! Слава Ксену!!!»[10] Эпизод был номинирован на «Эмми». Сайентологи известны частыми судебными исками. В конце эпизода Стэн предлагает сайентологам попробовать подать на него в суд, затем начинаются титры, в которых все имена заменены на «Джон Смит» и «Джейн Смит».

Кроме того, Сайентология пародируется в сериях «Суперлучшие друзья» и «Возвращение Шефа», хотя прямо название религии и не называется. В «Суперлучших друзьях» фигурирует выдуманный культ «Блаинтология», берущий с верующих деньги, претендующий на налоговые льготы и заставляющий обычных людей считать себя несчастными.